1940年中央研究院(下简称“中研院”)继任院长候选人的选举，虽仅是中研院发展史上一次最高领导人更替而已，但因受到蒋介石等高层的干扰，评议会评议员们又以学术良知抵挡住政治的强袭，维护了中研院作为学术自由与独立堡垒的声誉。因此，这一事件也就成为国民政府时期学术独立于政治的标志，具有相当重要的意义，自然也引起史家的注意，已有一些研究成果，大多给予其极高评价，王扬宗甚至据此认为党政官员执掌学术机构大权与学术自由并非造成必然的紧张，关键是“政府尊重学术自主”，“主事者严格按照规程行事，才是保障学术自由的关键”。其实，无论是继任院长候选人选举，还是后来院长遴选与任命的错综复杂，都还有未发之覆，值得进一步寻绎与探究^①。

1940年3月5日上午9时40分，一代教育巨擘、首任中研院院长蔡元培在香港逝世。噩耗传来，举世皆惊，各大新闻媒体均表极大哀恸，刊发其传记，誉为“国学宗师”、“文化巨星”、“空前之教育家”^②。时任国民政府军事委员会参事室主任、国民党中央宣传部部长、国民参政会秘书长王世杰，在日记中说：“孑公貌似和易，实际上风骨凛然，为本党第一，此为余所深知者。”同在美国的赵元任对胡适说，蔡元培“是代表咱们所stand for的一切的一切。现在一切的一切还没有都上正轨，他老人家又死了，真是使人不免忧伤！”^④哲人已萎，选举继任院长成为当日学界举目之事，也成为度量学术独立的试金石。

根据《国立中央研究院评议会条例》，院长出缺时，由评议会选举候选人三人，呈请国民政府遴选，选举会议由评议会秘书具体负责。根据《国立中央研究院评议会选举规程》，选举院长候选人以记名投票方式，得票过半数最多三人当选，“如第一次投票之结果，得票过半数之人数不足额时，应重行投票至足额时为止”^①。对候选人资格并无具体的规定，完全凭评议员们的学术良知来确定国家最高学术机构的领导人。当时，首届评议会聘任评议员任期已满，按计划于当年3月召开第五次年会，选举第二届聘任评议员。因蔡元培的突然逝世，选举继任院长候选人成为年会的重要任务之一。

中研院作为国家最高学术研究机构，其院长虽是个没有多少实权的位置，但在学界影响巨大，非一般人物所能担当，蔡元培作为首任自然是众望所归，而蔡后的空位也成为各路豪杰竞相追逐的目标。一时间，院长继任人选成为热门话题。蔡元培去世当日，时任浙江大学校长、中研院气象所所长竺可桢正在重庆公干并准备与第二任妻子陈汲完婚，与翁文灏共进晚餐，谈及院长继任人选，“拟推适之、雪艇与咏霓三人”，即胡适、王世杰与翁文灏^②。《申报》据路透社消息说，热门人选为驻美大使胡适、中研院史语所所长傅斯年和中研院秘书长(总干事)任鸿隽^③。傅斯年后来也在致胡适函中说：“先是，蔡先生去世后，大家在悲哀中，前两日未曾谈到此事”，但是后来一谈起就一发不可收，几个人在昆明时就开始预测^④。既非评议员，在中研院也没有任何职位、正陪妹妹到重庆与竺可桢完婚的陈源，事后于4月21日给胡适的信函中说：“本来是开会推选第二任评议员的，忽然最大的任务成为推选院长候选人。那时候许多朋友谈论的题目，差不多离不了这一问题。在开会以前，大家已众口一辞的认为最适当的是你、雪艇、骝先和詠霓。那时也有李石曾、佛菩萨等呼声。佛菩萨谁也不愿意招揽他。李呢，也许正好借此将中央研究院与北平研究院合并，可是谁也不愿意惹他。……吴先生也有人提……”^⑤陈信中的佛菩萨指任鸿隽，吴先生指吴稚晖。这样，继任人选有胡适、王世杰、翁文灏、朱家骅、任鸿隽、傅斯年、李石曾、吴稚晖等七八人之多，热门人物主要有胡适、翁文灏、王世杰和朱家骅，并以胡适呼声最高。傅斯年在给胡适的信中还说，在昆明时大家交谈，“不谋而合，都说，要选您一票，其余则议论纷纷”。有说翁文灏好的，也有反对者。即使过去“素不管事”的陈寅恪也非常热心，“矢言重庆之行”，只为投胡适一票。

作为评议会秘书的翁文灏，按照规定是院长候选人选举的组织者。他曾致电有“太上院长”之称、时在昆明的傅斯年，谈及院长选举，傅斯年回电说：“弟意此时只望政府依照评议会章程办理，开会不远，会前不可有所动作，会中推选三人，由政府圈定，则一切妥当矣。”^⑥翁文灏致傅斯年电具体内容不得而知，傅斯年回电时间亦不详，但可以看出，翁文灏似乎告知傅斯年政府有所行动。

确实如此，正当评议员们一厢情愿地表达他们的意愿时，最高中枢另有看法。自从蔡元培与蒋介石政治关系渐行渐远之后，蒋介石似乎对蔡元培也采取听之任之的态度，但心中的不满自然长期淤积。蔡元培去世后，与舆论界一致褒扬不一样，蒋介石对蔡元培的评论却是这样：“若盖棺可以论定，其在中国文化上之影响如何，我不敢武断；惟其在教育上与本党主义上言之，功实不能掩其过也。”^⑦可见蒋介石对蔡元培所信奉与宣扬的自由主义，心存不满，但有鉴于蔡元培在党内与党外的地位而有些“无可奈何”。蒋的这一态度自然也牵扯到他对蔡元培晚年用心用力、学术独立与自由堡垒的中研院。1927—1937年所谓黄金十年期间，蒋介石通过各种手段终于坐稳了他“天下第一”的交椅，也有注重知识分子的名声，通过钱昌照等人的联络，在抗日的旗帜下不少自由主义知识分子如翁文灏、蒋廷黻等进入政府。但对知识分子云集的中研院，除在京沪院址以行政力量进行打压外，似乎难以找到其他插手之处^①。蔡元培的突然去世，似乎给了他掌控中研院的机会。因此，在给予蔡元培恶评之后，他有了他自己的想法。他的幕僚们不失时机地给他“献计献策”。

蔡元培去世仅仅两天，3月7日，王世杰与段锡朋、张群谈继任院长人选，“认顾孟余为适当，并拟向各方推荐”^②。这说明，提出顾孟余为中研院院长候选人的始作俑者是王世杰、段锡朋、张群等人。陶英慧以为，王世杰等人的提议虽非蒋介石的授意，但已显然揣摸到蒋介石的心意^③。汪精卫逃奔河内发表艳电，震惊世界，作为汪系主干的顾孟余却站在蒋介石一边，使蒋介石大为感动，要为顾寻找一个恰如其分的位置，中研院院长是一个非常合适的选择。留学德国的顾孟余曾长时间任教北京大学，担任过经济系主任兼教务长。后长期在政界打拼，历任国民党中央执行委员会常务委员、宣传部长、中央政治委员会秘书长，铁道部长、交通部长等重要职位。

有所成议后，蒋介石的幕僚们开始行动，向评议员们推荐顾孟余。3月14日，翁文灏召集朱家骅、王世杰、傅斯年、周仁、竺可桢、汪敬熙等开首届评议会第五次会议筹备会^④。当天，王世杰与傅斯年、汪敬熙谈，表明自己无意于院长，也不愿为候选人，提出“院长席以专任为宜”，并说顾孟余“可供考虑”^⑤。这应该是顾孟余这个名字在蒋介石及其幕僚之外，第一次出现在评议员们之间。中研院章程中并没有院长“专任为宜”这样的规定，蔡元培担任院长时也曾兼任监察院院长、国府委员等职务。王世杰提出院长“专任为宜”的条件，不仅有违中研院章程，而且有为顾孟余量身定制的嫌疑。因为前述热门候选人无论胡适、翁文灏，还是朱家骅、王世杰，当时都各有重任，翁文灏为资源委员会主任、经济部部长，朱家骅任国民党中央政治会议秘书长、组织部长。与这样重任在身者相比，顾孟余正赋闲重庆。据傅斯年致胡适函中说，王世杰提出顾孟余后：

约我们去商量。我说，我个人觉得孟余不错，但除非北大出身或任教者，教界多不识他，恐怕举不出来。当时我谓缉斋(汪敬熙——引注)说：“我可以举他一票，你呢？”他说：“我决不投他票，他只是个polititian！”我谓雪艇说：“你看。”后来书诒(段锡朋——引注)与朱详细一算，只可有八票，连缉斋在内呢。此事，雪艇与书诒曾很热心一下，只是觉得此事无法运动。这一般学者，实在没法运动，如取运动法，必为所笑，于事无补。^⑥

可见，王世杰不仅向傅斯年、汪敬熙推荐顾孟余，段锡朋、朱家骅也曾在其间“热心运动”。其时蒋介石还未明确表达其意见。16日，陈布雷致函翁文灏，传达蒋介石希望选举顾孟余的愿望^⑦。致此，王世杰、段锡朋、张群等人的私下意见转化为蒋介石的公开意愿。

第二天，翁文灏往访陈布雷，陈布雷说蒋介石对张群和他谈及中研院应归行政院管辖，院长不宜由评议会选举，“但未言决即更改”。对院长人选，蒋介石曾提及吴稚晖、戴季陶、钮永建等，“嗣又提及顾孟余”^⑧。可见，蒋介石对蔡元培后的中研院有自己的想法：第一，降低中研院级别，由直隶国民政府改为归行政院管辖，本与行政院同级降为受行政院管辖，与各部同级；第二，既然已归行政院管辖就直接进行首长任命，而不由评议会自行选举。蒋介石上述想法可能是对蔡元培时期中研院不满的集中爆发，如果实现对中研院来说可能是釜底抽薪，对学术独立来说可能是最重要的堡垒被完全攻破。

其实，对中研院高踞直属国民政府的地位，行政院早有非议，多次欲将之降格。总干事任鸿隽在1939年9月第四次国民参政会上提中研院工程试验费一案，在政府辗转多次到行政院，讨论时，副院长孔祥熙“大发议论，牵涉许多”，“其中各人多谓中研院不应直属国府，而应直隶于行政院”。1940年2月26日，傅斯年致函驻扎昆明的任鸿隽，请其到重庆疏通，特别是拜访蒋廷黻、翁文灏、朱家骅、王世杰、张群等人，指出此事非同小可：“此事乞兄无以为小事，一经改隶之后，可有无限麻烦，或引起孑师之辞职，至少其moral effect至大耳。”并谈及为中研院争取经费的困难：“至于弄钱，乃是大费工夫之事，决非一纸公文，安坐可得者，小数已如此，大数更可知。当年杏佛在日，为经费煞费苦心。在君之时，委屈与政府各部分敷衍。今日全院之局面，实与政府失却联络。兄常住昆明，而在渝之办事处，全无可以周旋政府者。”^①当年杨铨、丁文江常日周旋于部院之间才取得经费，任鸿隽现安居昆明，遥控重庆，中研院的困境可想而知。同日，傅斯年也致函朱家骅请其疏通，否则会逼迫蔡元培辞职^②。

在这一点上，蒋介石并没有坚持立即实施，但对院长人选似乎“志在必得”，以先抑后扬的顺序，先后提及吴稚晖、戴季陶、钮永建，最后抛出顾孟余。吴、戴、钮都是国民党元老，从中研院院长职务的名誉性来看，似乎都有担任的名望。但是中研院毕竟是国家最高学术研究机构，从学术成就与学术声望来说，三人可以说完全不能胜任。在陈源看来，中研院院长完全是名誉性职位。他不是评议员也掺和院长人选提议，还抱怨人微言轻，无人理会，实在是有些“不知自重”。对于蒋介石的意愿，翁文灏似乎也没有办法，无奈之余，只得向陈布雷说“盼能依法处理”，希望以中研院已有的“宪章”抵挡外来政治压力的侵袭，以完成继任院长候选人的选举。

蒋介石意愿的直接表露似乎刺激了学者们的神经，他们预感到中研院这个学术自由与独立的堡垒有被政治攻破的危险，于是纷纷表达学术自由的姿态。翁文灏日记记载，他面见陈布雷那天，傅斯年对蒋介石指定顾孟余为院长，“认为于法不符，颇表愤慨，并怪王雪艇建议此意”；汪敬熙、李四光主张应有academic freedom^③。17日下午，翁文灏在中研院与傅斯年、任鸿隽、李四光、汪敬熙及王世杰谈及院长选举事，夹在学界同人与蒋介石之间，王世杰不得不宣称“彼有二个Conscience”。

对于评议员们的“愤慨”与学术自由的主张，蒋介石似乎并不以为意，于会议前两天居然“下条子，举顾孟余出来”，于是由他的走卒们暗中运动变成了光天化日下的行为，由“阴谋”变成了“阳谋”，由“协商”变成了“命令”，这无疑是对评议员们的民主和自由选举权的侮辱与蔑视。竺可桢3月21日会晤陈布雷，遇到张其昀，谈起蒋的行为，认为评议会恐怕通不过^④。陈源说：“一般对于政治没有兴味的科学家却不愿以研究院为酬勋(没有跟汪去也)的奖品。”傅斯年说，蒋介石这一下条子行动“自有不良影响”，“平情而论，孟余清风亮节，有可佩之处，其办教育，有欧洲大陆之理想，不能说比朱、王差，然而如何选出来呢？……及介公一下条子，明知将其举出，则三人等于一人，于是我辈友人更不肯，颇为激昂”。21日晚，评议会秘书翁文灏和总干事任鸿隽宴请与会评议员，到茅以升、淩鸿勋、陈寅恪、姜立夫、郭任远等30人，谈及院长继任人选。傅斯年事后向胡适报告当晚情形说：“寅恪发言，大发挥其academic freedom说，及院长必须在外国学界有声望，如学院之外国会员等，其意在公，至为了然(彼私下并谓，我们总不能单举几个蒋先生的秘书，意指翁、朱、王也)。”任鸿隽发言，“大意谓在国外者，任要职者，皆不能来，可以不选”。按照任鸿隽的说法，胡适、翁文灏、朱家骅、王世杰等热门人选都不能作为候选人，与王世杰前此“专任”条件相同，似乎也表达了他有问鼎的意愿。傅斯年对任鸿隽任总干事居于昆明，而不赴重庆周旋于官场以求中研院的发展已很不满，因此当即表示反对，“谓挑去一法，恐挑到后来，不存三四人，且若与政府太无关系，亦圈不上，办不下去”^⑤。一帮人当即民意测验，投票结果翁文灏21票、胡适20票、朱家骅19票、李四光6票，吴稚晖、秉志、傅斯年、马君武及竺可桢各得一、二票不等^⑥。原呼声极高的王世杰只有一票，顾孟余一票未得。已显现了评议员们的意志，也昭示了即将选举的结果。

3月22日，评议会在重庆两路口嘉陵宾馆正式举行。次日，选举院长候选人，评议员30人与会，王世杰主席，放弃投票，共29人投票。按照竺可桢的说法，翁文灏、朱家骅各24票，胡适20票，李四光6票，任鸿隽4票，竺可桢2票，顾孟余1票。另据陈源、傅斯年的说法还有王世杰得4票。结果是翁文灏、朱家骅与胡适三人当选，上报国民政府，“请其遴选”。选举结果顾孟余仅得一票，这也可能是意料中事，不知这一票是谁所投。看来即使是蒋介石的心腹幕僚们如翁文灏、朱家骅等也没有完全听命于蒋介石，投票给顾孟余。当初的热门人选王世杰仅得4票，实在有些意外。傅斯年认为，这与王在教育部长任内惹恼了不少有大学背景的人有关，同时王不习自然科学，与评议员的多数“自然科学家”很是隔膜，至于王“热心运动”顾孟余之事，仿佛对他无甚影响。其实，王的落败，很可能与他“运动”顾孟余有关，傅斯年所谓“运动”顾一事仅他们三五人知道，在某种程度上是自欺欺人。

这是评议员选举院长候选人的第一次实践，他们顶住最高权力者蒋介石的压力，以学术自由与独立的原则，凭据自己的学术良心推选出他们心目中的学术领导人，无论如何都是中国学术发展史极其罕有的事情，也是学术反抗政治侵扰的伟大胜利，实在值得大书特书。傅斯年对胡适说，“此番经过，无组织，无运动”，“全凭各人之自由意志，而选出之结果如此，可见自有公道，学界尚可行democracy！”^①

学术界这次民主的“表演”，在政治强力面前又怎样呢？蒋介石似乎对学人们的奋力一击并不在意。选举次日，王世杰遇到蒋介石，将选举结果陈明，蒋介石笑了一下^②。翁文灏后来对胡适说，这次选举，“中枢当局曾非正式盼望选举某君为院长，惟各评议员以此项选举应以评议员之自身意见为之，不宜有其它意见之影响，当局亦表示可予尊重”^③。可问题马上就出来了。按照傅斯年的说法，选举第三天即3月25日，蒋介石对孔祥熙说：“他们既然要适之，就打电给他回来罢。”^④

无论是选举前还是选举后，评议员们一直以为，蒋介石一定会任命他身边的“红人”(即陈寅恪所谓的“秘书”)翁文灏、朱家骅(选举前包括王世杰)，不会在需要美援孔亟之时，撤去胡适的驻美大使，让他回国担任院长。他们之所以坚决选举胡适，并不是真正想让他回国，仅仅想表明胡适是蔡元培的当然继承人而已，也作为学术界的一个“表演”。不想，因此却演出“胡适驻美大使的撤换风波”^⑤。直到8月初，蒋介石最终决定胡适留任，风波停息，中研院院长空缺时间已超过5个月之久，这对中研院的运行造成了极大困难。8月12日，翁文灏致函胡适，谈及中研院面临的困境，希望胡适出面邀集同志向政府建议：

中央研究院事有若干困难在前。院长人选迄未决定。叔永为总干事，实际上又并非代理院长。目前物价日高，院中主持无人，经费艰穷，极可忧虑。此事未知可否约集热心院事者数人，同向政府建议。尊见如何，电示为盼。^⑥

9月2日，翁文灏偕同傅斯年、任鸿隽拜访张群，请张呈请蒋介石早定院长人选^⑦。直到9月18日，蒋介石才颁令朱家骅代理中研院院长。据说，张群呈请蒋介石指示，胡适之外，蒋属意于翁文灏，最后乃改朱家骅暂代。傅斯年以为，此事蒋主要受王世杰影响：“王不欲适之离驻美大使任，但仍欲留此任以待之，故此时只有代理。王与骝先交谊并不佳，但此时则欲骝先暂代，因此骝先颇不悦”^①

无论如何，自3月23日选举候选三人，延宕半年之久，中研院终于迎来了第二位领导人，虽然只是代理。从候选三人的学术地位与声望来说，胡适是院长最佳人选。他作为五四新文化运动主将，一直是中国新文化的代表，自由主义“宗师”，学术界灵魂，自然是蔡元培的衣钵继承人。胡适而外，翁文灏相比朱家骅更为合适。翁文灏留学回国后，在中国地质学界苦心苦力，与章鸿钊、丁文江一道创建了中国近代地质学，并使该学科在世界学术界产生巨大影响。他自己在学术上的成就远超章鸿钊、丁文江，在国际上也有极高声誉，1922年就当选为国际地质学会副会长。在学术机构的建设与管理上也超越丁文江，接续丁文江领导当日中国最为著名而且成就也最为卓著的科研机构地质调查所，并不断扩展其研究范围。作为1930年代典型的学者从政型人物，翁文灏当时是蒋介石最为倚重的技术官僚之一，在官场也集聚了相当的人脉关系。胡适曾认为中研院院长于翁文灏最为适宜。胡适对于蔡元培这位前辈，以为他“最能用人”，“付托得人之后，他真能无为而治”，但“早年训练太坏，不能充分利用他的闲暇来做点学术著作”。蔡元培的优点刚好是翁文灏的缺点，其缺点刚好是翁文灏的优点。他认为翁文灏“待人和平，而御下稍嫌过严，不免以中世修士之道律己而又律人”，因此不甚适宜于做中研院具体管理事务的总干事，但厚养资望后，最适宜做中研院院长：“此非‘亲民’之官，不必常与各所所长直接接触，既有余闲可以从容整理平生要做的研究工作，又有余闲可以为天下国家想想一些真正重要问题，为国家社会作一个指示者。”^②翁文灏本人也有出任院长的欲望^③。为解决中研院院长危机，傅斯年也曾提出以翁文灏代理院长的建议。可见，无论是学术成就、学术声望，还是学术界的共同认知、个人的意愿，中研院院长一席胡适而外，翁文灏是最为恰当因而也是最为适当的人选。

相较而言，朱家骅虽是德国柏林大学地质学博士，但回国后没有从事一天地质学研究，一直在政治漩涡中沉浮，历任中山大学副校长、中央大学校长、教育部长、交通部长、浙江省主席、军事委员会参事室主任，时任国民党中央政治委员会秘书长、组织部长，是战时国民党党务核心人物，也是蒋介石的得力干将。朱家骅虽筹建两广地质调查所促进华南地质事业发展、创建同济大学测量系规划中国大地测量、利用中英庚款设立中国地理学研究所和蚕桑研究所，因而在地质、大地测量、地理等学科上有大贡献，也曾任大学校长、教育部长，因善待学人而在学术界也有不错的声誉，但从中研院院长的学术性要求来说，他政客的身份实在与此不相匹配。朱家骅对院长一职心里到底怎样想不得而知，虽然他后来也有不愿担任的说辞：

本院评议会选举继任院长候补人。开会前夕，我预感有被选趋势，曾敦劝大家不要选我，及选举结果，胡适、翁文灏两位先生与我三人膺选，当场我宣布不愿接受，但不生效，乃请总办事处将选举结果，暂缓呈报。延至九月中旬，因预算关系，各所长甚为焦急，催总办事处即为呈报圈定院长人选，并向国防最高委员会请愿。当局考虑结果，因胡先生当时正任驻美大使，使命重大，不能脱身，翁与院中同仁意见不洽，遂发表我为代理院长。我获知后，即一再恳辞，未蒙允准，遂于九月二十日正式接事。^④

这是朱家骅1958年的追述，似乎从一开始他就不愿担任院长，因此有多次的推辞。但他这一说辞可疑之处甚多。第一，按照他的说法，蒋介石未能及时圈定院长继承人，是他请总办事处将选举结果缓报的结果，实际是总办事处很快就正式呈报了。朱家骅当时仅任评议员，根本无法指挥命令中研院。第二，翁文灏在中研院仅是评议会秘书，并没有如他一样担任过总干事介入中研院的具体事务中，何处来与中研院“同仁不洽”？这不应是翁文灏未能获任的理由。由此可见，他上述不愿担任院长的说辞也就不很可信，倒是正如前面傅斯年所言，仅仅代理使他很“不悦”。

因此，无论是从哪个角度来看，选择翁文灏任院长都比朱家骅合理。蒋介石却最终选择了朱家骅而不是翁文灏，其间到底存在什么样的心理，自然难以猜测，政治操作上便于管理可能是一个可以推测的重要原因。蒋介石既然有控制中研院的想法与计划，选择一个惟命是从的纯粹官僚可能比一个兼具学者身份者更容易得心应手。朱家骅毕竟是一个长期在官场上摸爬滚打的政治人物，翁文灏虽已从政，但骨子里还是一个学者。作为一个政治领导者，是指挥一个隶属于自己的纯粹部下容易，还是指挥一个虽是部属但在学术界有极高威望的学人顺手，可想而知。另外，朱家骅仅仅是“代理”，而不是实任，是否也有这方面的考虑，不得而知。也就是说，蒋介石最终选择朱家骅而不是翁文灏可能也有其政治方面的考量，而不是纯粹从学术发展的角度出发，再次显示了学术自由与独立在政治面前的限度。

从三人与中研院关系而言，胡适除任评议员外，没有其他实质性职务，但他对中研院的发展通过蔡元培、丁文江、傅斯年等人，影响甚为巨大。翁文灏除担任评议员外，还接任丁文江任评议会秘书，与中研院关系虽然不浅，但并未介入日常具体事务。与胡适、翁文灏两位真正在学术上取得重大成就，学术声誉极高不同，纯粹的职业官僚朱家骅是三人中与中研院关系最为紧密的。他除担任评议员外，还曾接任丁文江担任总干事，实际主持中研院院务。蒋介石最终选定朱家骅代理院长，而不是从学术声望来讲更有资格的翁文灏，他们与中研院关系紧密程度可能也是一个考量因子。

蔡元培担任院长属于兼任，没有专任。朱家骅接任也一样。因此，如果胡适以驻美大使的身份兼任中研院院长，也完全可以，并无真正的障碍。考虑全民抗战爆发后，蔡元培未随国民政府内迁重庆，而是以老弱病残之躯孤身前往香港，对中研院的领导属于“遥领”性质，虽在具体的管理与运行方面对中研院事务造成一定的困难与影响，但也开了“遥领”的先河。因此，陈源也有胡适“能暂时遥领则太好了”的想法。也就是说，如果国民政府真正属意于胡适，完全可以让他以驻美大使的身份兼任中研院院长，“遥领”中研院事务。可以说，蒋介石未选择胡适“遥领”，也不让翁文灏实任，仅仅让朱家骅“代理”，考虑到前面所述各种情节，他自己全面控制中研院的计划与想法可谓昭然若揭。

据陶英慧研究，中研院院长人选除首任蔡元培和接任胡适的第四任王世杰外，都曾受到最高当局即蒋介石的关切。1957年，蒋介石强令朱家骅去职后，示意选举胡适接任。梅贻琦便心生不满：“胡先生如能当选，自会选出，我们并不奉他人的意见而选举。”后钱思亮接任王世杰，吴大猷接任钱思亮，“其运作过程并无不同”^①。

早在1930年中研院院址建设之争时，胡适曾一针见血地指出中研院在组织架构上争取独立地位先天不足：

欧洲各大学在中古时皆有特殊保障，略似一种治外法权，故能不受宗教势力与政治势力的压迫。此种保障虽不完全有效，然究竟保全不少。其最重要者为每一学术机关皆有一种“宪章”(Charter)，在此宪章颁与之后，一切宪章范围以内的事，皆不受外力的干涉。……今研究院的组织法第一条说，“国立中央研究院直隶于国民政府”；第三条云，“院长一人，特任”；经费来源又每月由财政部颁给。其中全无一点保障可以使政治势力不来干涉。故甚不易争得独立的地位。^②

“直隶于国民政府”就要受国民政府领导，“特任大官”院长由国民政府最终任命，当然也要受国民政府牵制。更重要的是，经费不能独立，需要财政部按月拨付。胡适这里以欧洲大学学术独立为榜样的诉求可能有些理想化，在科学发展步入大科学时代，学术研究已经完全不同于它早期以个人爱好为特征的时代，特别是随着国家科学政策的出现，政府与政府资助在学术发展上作用与地位越来越重要。问题是，在大科学时代如何保证学术独立，特别是由政府出资创办的国立科研机构的学术自由与学术独立，是所有的学术管理者与学术中人深切关注的问题。

中研院无论是院长还是总干事人选，都必须与政府有密切关系，否则向各方接洽包括经费提取都可能成问题。抗战爆发后，蔡元培一再挽留政务缠身的朱家骅留任总干事是如此，考虑朱家骅的总干事继任人选时还是如此。竺可桢日记记载说：

据仲揆云，骝先决辞职，傅孟真知为各所所长所不喜，遂荐三人于蔡先生，即吴政之(有训)、丁巽甫及任叔永。余谓三人均佳，但吴、丁二人素与政府无往来，将来取款不免困难耳。^①

竺可桢认为吴有训、丁燮林与政府没有关系，不适于任总干事，最终由任鸿隽接任。出生于1886年的任鸿隽与蔡元培一代相亲善，但与出生1890年代的朱家骅、傅斯年一辈有不小的隔阂。朱家骅就任院长后，任鸿隽辞职。接替任鸿隽担任化学所所长的吴学周当时与任鸿隽相从甚密，其日记记载说：

总干事一职，与秘书长无异，院长既已换人，总干事照例必辞。而且任之担任总干事，全因蔡先生关系，盖渠以蔡先生乃吾国最难得之真正领袖，对大事既有坚决不移之主张，对小事能予办事者以全权决定之自由，故为蔡之总干事者，尚能有办一番事业之机会。^②

蔡元培办理中研院给予总干事以极大的权力，总干事有干一番事业的机会。朱家骅担任院长后，情况就完全不一样。后曾任总干事的李书华1943年9月致函傅斯年说：“蔡先生乃党国元老，且年事已高。蔡先生任中央研究院院长，需要一位总干事如杨杏佛、丁在君、任叔永一类的人为院奔走及照料一切。骝先正年富力强，且任党政要职，各方面均极接头，与蔡先生情形完全不同。骝先任代理院长，不需要一个总干事，只需要一位秘书，助其办理例行事件即可。”^③也就是说，朱家骅长期混迹官场，与各方接洽都非常容易，他的总干事不需要奔走照料中研院一切，只要一位“等因奉此”的秘书即可。这也从一个侧面看出学术发展如何受制于政治运作。

朱家骅虽与学界保持较好的关系，并在学界与政府之间起到了良好的桥梁沟通作用，也为当日中国学术的发展贡献了极大的力量，但毕竟不是真正的学人，似乎也没有得到学界的真正认同。因此有人认为他担任院长是政治对学术的侵夺。1944年12月5日，与政府有密切关系的张其昀拜访胡适，请求被撤去驻美大使后长期滞留美国的胡适回国担任中研院院长：“他和吴景超闲谈，他主张要把中央研究院脱离政治，恢复学术独立；他们主张要我回去做院长。”在张其昀、吴景超看来，朱家骅任中研院院长标志着中研院的政治“陷落”，要胡适担任院长，使中研院脱离政治，回复蔡元培时代的“学术独立”。胡适虽然以其高远的学术理想回绝担任院长的欲求：“我决不要干此事。我是一个有病的人，只希望能留此余生，做完几件未了的学术工作。我不能做应付人、应付事的事业了。”但其实他也有现实的考虑，美国科学研究发展总局1943年经费是2.35亿美元，而中研院经费只够各所人员喝稀饭，“此时虽有能手，亦无法改善”^④。胡适道出的还是一个国立研究机构所面临的经济与学术独立窘境。

更为重要的是，朱家骅就任代理院长之时，国内学术与政治的关系更为严峻。教育部长陈立夫借“教育为抗战建国”服务的崇高目标再次行其教育统制计划，其中课程统一是最基本的步骤，结果遭到西南联大师生的反对。1940年6月，联大公函反驳，其中称：

夫大学为最高学府，包罗万象，要当同归而殊途，一致而百虑，岂可以刻板文章，勒令从同。世界各著名大学之课程表，未有千篇一律者，即同一课程各大学所授之内容亦未有一成不变者。惟其如是，所以能推陈出新，而学术乃可日臻进步也。……教育部为政府机关，当局时有进退，大学百年树人，政策设施宜常不宜变。若大学内部甚至一课程之兴废亦须听命于教部，则必将受部中当局进退之影响，朝令夕改，其何以策研究之进行，肃学生之视听，而坚其心志，……师严而后道尊，亦也谓道尊而后师严。今教授所授之课程，亦经教部之指定，其课程之内容亦须经教部之核准，使教授在学生心目中曾教育部一科员之不若，在教授固已不能自展其才，在学生尤启轻视教授之念，……教部今日之司员多为昨日之教授，在学校则一筹不准其自展，在部中则忽然智周于万物，人非至圣，何能如此？^①

以北大、清华和南开组成的西南联大，有学术自由与独立的传统，可以反抗教育部的学术统制，以维持学术自由和独立，但在政治不断挤压学术自由与独立的大环境下，这种反抗的声音会日渐微弱。同年9月17日，汪敬熙致函胡适指称国内政治日益压制学术的现状：

教育当局是专提倡“实用”和专计划“统制”。……处处是提倡“实用”，然而造就出来的人大多数是“无用”。“统制”是日甚一日。大部一个密令，学校就不得聘某某为教授。将来有学术界的人不得透一口气的日子。思想岂是可以统一的，岂是可以压制的！^②

面临这种局面，中研院的发展可想而知。1941年3月13日，举行中研院评议会年会，王世杰已认为朱家骅兼任院长“究不相宜”。1942年1月21日，王世杰、王宠惠、吴铁城、翁文灏等在朱家骅家里商讨中研院问题，因为蒋介石及教育部“均欲取消该院之独立，划归教部或考试院管辖”，王世杰“极认为现时组织不宜变更。在座者亦无异议”^③。此时，蒋介石还是不忘降低中研院级别的初心。更令人沮丧的是，蒋介石当初欲将中研院降格为行政院下的部，这次却是隶属教育部，或闲置机构考试院。

蒋介石有此意愿，自然有人从法理上予以支持，在国民党中央全会上提出提案。1942年3月9日，开中研院评议会谈话会，朱家骅胃痛，仍勉强主持会议，报告国民党九中全会前有人提议研究院合并于教育部或考试院，经疏通后打消。议决第二次评议会1943年1月11日蔡元培生日召开^④。但计划中的评议会并没有召开，中研院地位已相当尴尬。当时，内迁各学术研究机构和大学积极开展学术活动，科研成果也日益显现，可中研院自身却有被撤并的危险。教育部也在一些学术发展事务上不断侵夺中研院的权益，如教育部以学术审议会代替了中研院的学术评议、奖励功能^⑤。同时，中研院自身在科研工作方面的成就相比大学而言，似乎也无特出之处，与最高学术研究机构并不相称。

《国立中央研究院组织法》是中研院的生存和发展的宪法，明确规定中研院直属国民政府。但中国并不是一个法制社会，政治权力高于一切，可以突破制度的规定，甚至完全无视法律的条文，或者根据自身的需要改变法律。中国又是一个“温情脉脉”的人情社会，通过人与人之间的私人关系网络往往能绕过法律条文的规定取得意想不到的结果。因此，无论是中研院继任院长的任命，还是在朱家骅就任之后遭遇各种纠葛时，关系网络中的王世杰、翁文灏、傅斯年、朱家骅等就会借助他们与张群、吴稚晖、陈布雷等的关系设法与蒋介石沟通，往往也能达到目的。问题是，本来应该规划与促进中研院正常而有序发展的聪明才智，就这样被无端地耗费到各种关系的维持、关说与沟通中，大大地浪费了精力与体力，对中研院的发展也造成了不必要的损失。蔡元培后的中研院作为一个纯粹学术机构，在没有学术独立传统的中国，就只能这样在政治的狭缝中寻求生存与发展，并保存着学人们的些许学术独立与自由的良知，以求中国学术的发展与独立。